Домой

Экспрессия генов раково-тестикулярных антигенов при меланоме кожи человека 14. 01. 12 онкология 03. 01. 04 биохимия




Скачать 369.53 Kb.
НазваниеЭкспрессия генов раково-тестикулярных антигенов при меланоме кожи человека 14. 01. 12 онкология 03. 01. 04 биохимия
страница1/2
Дата26.01.2013
Размер369.53 Kb.
ТипАвтореферат
Содержание
Научные руководители
Официальные оппоненты
Ведущая организация
Общая характеристика работы
Задачи исследования
Научная новизна
Практическая значимость
Апробация работы
Объём и структура диссертации
Культуры клеток меланомы
Биопсия первичной меланомы.
Клиническая характеристика пациентов с первичными опухолями.
Морфологическая характеристика образцов тканей первичной опухоли.
Биопсии метастазов меланомы в лимфатические узлы.
Молекулярно-биологические методы исследования.
Гены, снижение или потеря активности которых ассоциированы с метастазами меланомы и плохим прогнозом.
Гены, усиление активности которых или увеличение концентрации их продуктов ассоциированы с метастазами меланомы и плохим прогноз
Дифференцировочные меланомные антигены. Компоненты меланосомы, участвуют в меланогенезе.
Маркеры меланомы, высокоэкспрессированы в меланоме.
Гены кодирующие белки главного комплекса гистосовместимости.
...
Полное содержание
Подобные работы:
  1   2



На правах рукописи


КОВАЛЕВСКИЙ ДМИТРИЙ АНАТОЛЬЕВИЧ


ЭКСПРЕССИЯ ГЕНОВ РАКОВО-ТЕСТИКУЛЯРНЫХ АНТИГЕНОВ ПРИ МЕЛАНОМЕ КОЖИ ЧЕЛОВЕКА


14.01.12 – онкология

03.01.04 – биохимия


АВТОРЕФЕРАТ

диссертации на соискание ученой степени

кандидата биологических наук


МОСКВА

2010


Работа выполнена в лаборатории генной инженерии НИИ экспериментальной кардиологии ФГУ Российский кардиологический научно-производственный комплекс Росмедтехнологий и отделении биотерапии опухолей НИИ клинической онкологии Российского онкологического научного центра им. Н. Н. Блохина РАМН.


^ Научные руководители:


кандидат физико-математических наук Бибилашвили Роберт Шалвович

кандидат медицинский наук Михайлова Ирина Николаевна


^ Официальные оппоненты:


доктор биологических наук, профессор

Прасолов Владимир Сергеевич

доктор биологических наук, профессор

Бочарова Ольга Алексеевна


^ Ведущая организация: Учреждение Российской академии медицинских наук

Медико-генетический научный центр РАМН


Защита диссертации состоится «24» июня 2010 г. в 14 часов на заседании диссертационного Совета (Д.001.17.01) Российского онкологического научного центра им. Н.Н.Блохина РАМН (115478, Москва, Каширское шоссе, 24).


С диссертацией можно ознакомиться в библиотеке РОНЦ им. Н.Н.Блохина РАМН.


Автореферат разослан «27» апреля 2010 г.


Ученый секретарь диссертационного совета,

доктор медицинских наук, профессор Ю.В. Шишкин
^

ОБЩАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА РАБОТЫ




Актуальность проблемы


Меланома кожи является одним из наиболее агрессивных заболеваний среди злокачественных новообразований кожи. В последние десятилетия частота возникновения этой болезни значительно увеличилась и продолжает неуклонно возрастать. Несмотря на современные методы лечения меланомы, отдаленные результаты неудовлетворительные. Меланома считается «антигенной опухолью», экспрессирующей так называемые опухолеассоциированные антигены. Эти антигены используются при вакцинотерапии, которая является одним из методов лечения онкологических заболеваний. По определению Restifo N. и Sznol M., «вакцинотерапия – это метод, основанный на использовании любого антигена или комплекса антигенов (с или без адъюванта) для модуляции иммунного ответа». Принцип данного метода основан на индукции противоопухолевого иммунитета после введения в организм опухолевого антигена. Центральным событием в процессе Т-клеточной иммунной реакции против опухолевых клеток является стимуляция распознавания Т-рецепторами антигенных детерминант, избирательно экспрессированных на опухолевых клетках. Опухолевые антигены как правило подвергаются процессингу перед их презентацией в контексте молекул гистосовместимости на клеточной поверхности. Различные категории опухолеассоциированных антигенов можно разделить на три главные группы:

(1) раково-тестикулярные антигены (MAGE, BAGE, PRAME, CTAG1B, SSX2), (2) дифференцировочные антигены меланоцитов (TYR, MLANA, SILV, TYRP1, DCT) и (3) мутированные антигены (MUM1, CDK4, CTNNB1, CDKN2B, B3GALT5). С иммунологической точки зрения раково-тестикулярные антигены могут быть хорошими мишенями для иммунотерапии опухолей, поскольку в нормальных тканях эта группа антигенов не экспрессируется за исключением ткани яичек, которые недоступны для клеток иммунной системы из-за отсутствия их прямого контакта с иммунокомпетентными клетками и отсутствия на них экспрессии HLA антигенов I класса. В отличие от раково-тестикулярных антигенов иммуногенность дифференцировочных антигенов меланоцитов невысока из-за иммунологической толерантности к этим "своим" антигенам. Исключением является ген MLANA, антиген которого содержит несколько эпитопов для узнавания ЦТЛ (цитотоксическими лимфоцитами) и способен индуцировать генерацию меланомо-специфичных ЦТЛ. Таким образом, экспрессия различных опухолевых маркеров играет одну из ключевых ролей в индукции противоопухолевого иммунитета. При использовании раково-тестикулярных антигенов (РТА), меланоцитодифференцировочных антигенов (МДА) при вакцинотерапии рака необходимо определить количество антигенов на опухолевых клетках и их изменчивость в процессе метастазирования. Развившиеся в последние годы интенсивные исследования РТА в различных опухолях (начиная с 1997 года, опубликовано около 1500 статей) открыли новые возможности для разработки новых подходов диагностики и лечения опухолей. Исследования выявили существенные вопросы: (1) почему, несмотря на иммуногенность антигена при иммунотерапии, не возникает регрессии опухоли, и нет реальных успехов в лечении; (2) какие прогностические факторы оказывают влияние на дальнейшие течение меланомы у больных; (3) какое значение имеет экспрессия генов РТА у больных с меланомой?

Актуальность данных проблем определила выбор исследования экспрессии генов РТА в клеточных линиях меланомы, первичных опухолях, метастазах меланомы в лимфатические узлы для установления необходимости подбора индивидуального лечения методом вакцинотерапии и возможности прогноза течения заболевания с учетом данных экспрессии генов РТА.


В связи с этим целью настоящей работы явилось: исследование значения экспрессии генов раково-тестикулярных антигенов для прогноза и течения опухолевого процесса у пациентов с меланомой кожи.
^

Задачи исследования


1. Исследовать экспрессию генов раково-тестикулярных антигенов (РТА), генов меланоцитодифференцировочных антигенов (МДА) и генов маркеров меланомы (ММ) в клеточных линиях меланомы, первичных опухолях и метастазах меланомы в лимфатические узлы.

2. Провести анализ корреляции экспрессии набора генов с морфологическими признаками клеток меланомы.

3. Сравнить экспрессию набора генов в клеточных линиях меланомы, первичных опухолях и метастазах меланомы в лимфатические узлы.

4. Исследовать корреляцию между экспрессией набора генов, образованием новых метастазов и выживаемостью пациентов.
^

Научная новизна


В данной работе показано наличие отрицательной корреляции между уровнем экспрессии генов раково-тестикулярных антигенов и степенью дифференцировки клеток меланомы. Показана корреляция экспрессии исследуемого набора генов с продолжительностью жизни пациентов после операции и сроком появления у них новых метастазов.
^

Практическая значимость


Полученные результаты экспрессии исследуемых генов предоставляют возможность количественно оценить степень злокачественности опухолевых клеток меланомы, а также определяют выбор антигенов клеточной линии для вакцинотерапии. Предложены новые прогностические факторы выживаемости пациента после хирургической операции и временем до прогрессирования.
^

Апробация работы


Апробация диссертационной работы состоялась на совместной научной конференции c участием лаборатории экспериментальной диагностики и биотерапии опухолей, лаборатории клеточного иммунитета, лаборатории фармакологии и токсикологии, лаборатории фармакоцитокинетики, лаборатории медицинской биотехнологии, лаборатории лучевых методов лечения опухолей, лаборатории иммунофармакологии, лаборатории трансгенных препаратов НИИ экспериментальной диагностики и терапии опухолей и отделения биотерапии НИИ клинической онкологии РОНЦ им. Н.Н. Блохина РАМН, состоявшейся 25 февраля 2010 года; и на межлабораторном семинаре НИИ экспериментальной кардиологии ФГУ Российский кардиологический научно-производственный комплекс Росмедтехнологий, состоявшемся 17 марта 2010г.


Публикации

По теме диссертации опубликовано 5 печатных работ, в том числе две статьи, и трое тезисов на международных конференциях. Одна статья принята к печати в журнал «Вестник РОНЦ им. Н. Н. Блохина РАМН».

^

Объём и структура диссертации


Диссертация изложена на 123 страницах машинописного текста, содержит 8 рисунков, 10 таблиц. Состоит из глав: «Введение», «Обзор литературы», «Материалы и методы», «Результаты исследования», «Обсуждение результатов», «Выводы», «Литература». Библиографический указатель включает 56 отечественных и 181 зарубежных источников.

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

^ Культуры клеток меланомы. Двадцать одна клеточная линия диссеминированной меланомы кожи человека охарактеризована по морфологическим признакам и получена на 15-м пассаже из лаборатории экспериментальной диагностики и биотерапии опухолей Российского Онкологического Научного Центра им. Н.Н.Блохина РАМН. Цитоморфологические исследования позволили разделить полученные линии на три группы: H - высоко, I - умеренно и L - низкодифференцированные.

^ Биопсия первичной меланомы. Исследованию подвергалась ткань опухоли 29 больных первичной меланомой кожи после выполнения хирургического иссечения (на рисунках 2 и 4 обозначены номерами CNNNN). Все больные находились на лечении в РОНЦ им. Н.Н.Блохина РАМН в 1998-2002 гг. После хирургической операции часть опухолевого образца использовали для гистологического исследования, другую часть хранили в жидком азоте или при температуре – 75oC до выделения РНК.

^ Клиническая характеристика пациентов с первичными опухолями. Для исследования влияния клинических факторов на экспрессию генов РТА на уровне мРНК в первичных опухолях меланомы кожи были отобраны следующие клинические признаки: пол, возраст, площадь опухоли, локализация опухоли, общая выживаемость. Распространённость процесса оценивалась как I-III стадия по системе AJCC (2002 г.). Стадия I: толщина по Breslow 1,8-2,2 мм; n=3; мужчины/женщины=0/3; возраст 49-71 гг. Стадия II: толщина по Breslow 1,5-8,0 мм; n=22; мужчины/женщины =13/9; возраст 15-84гг. Стадия III: толщина по Breslow >8,5-18,0 мм; n=4; мужчины/женщины =2/2; возраст 46-80 гг. Опухоли у всех 29 пациентов имели вертикальную фазу роста и уровень инвазии по Clark II-V. Исходными материалами для исследования времени жизни пациентов после операции служили первичные учетные документы за период с 1998 по 2009 г. Извещения были выверены по историям болезни и амбулаторным картам отделений РОНЦ им.Н.Н.Блохина РАМН и онкологических диспансеров. При расчете выживаемости были учтены лица с диагнозом, поставленным при аутопсии.

^ Морфологическая характеристика образцов тканей первичной опухоли. Для исследования влияния морфологических факторов на экспрессию РТА в первичных опухолях меланомы и метастазах меланомы в лимфатические узлы было отобраны следующие морфологические признаки: толщина опухоли по Breslow; уровень инвазии по Clark; изъязвление опухоли; лимфатическая инфильтрация (слабая, умеренная, выраженная); наличие метастазов и время их выявления после удаления первичной опухоли; локализация метастазов; митотический индекс. Гистологический анализ. Гистологические срезы первичной опухоли меланомы окрашивали гематоксилин-эозином. Пролиферативную активность первичных опухолей определяли по митотическому индексу, который вычисляли как количество делящихся клеток на 1 мм2 на гистологических препаратах первичной опухоли меланомы кожи.

^ Биопсии метастазов меланомы в лимфатические узлы. Десять тонко-игольных аспирационных биопсий (ТАБ) метастазов меланомы (получены у больных, отличающихся от больных с первичной опухолью) в лимфатические узлы взяты у пациентов, которые получали различные виды лечения (химиотерапию, иммунотерапию и хирургическое лечение). Распространённость процесса оценивалась как II-VI стадия по системе AJCC (2002 г). Стадия II: n=6; мужчины/женщины=2/4; возраст 41-51 гг. Стадия III: n=3; мужчины/женщины =3/0; возраст 45-61 гг. Стадия VI: n=1; мужчины/женщины =0/1; возраст 64 г. На рисунке 2 ТАБ обозначены номерами от 1 до 10. Все больные находились на лечении в РОНЦ им.Н.Н.Блохина РАМН в 2006-2007 гг. После биопсии одну часть ткани использовали для цитологического исследования с окрашиванием препаратов по Лейшману, другую часть хранили в жидком азоте, затем при температуре – 75oC.

^ Молекулярно-биологические методы исследования. Суммарную РНК из культур опухолевых клеток меланомы выделяли в соответствии с рекомендациями фирмы CLONTECH (Mountain View, USA) методом с применением кислого фенола, гуанидина тиоционата (NH2C(=NH)NH2HSCN) и аммония тиоционата (NH4SCN). В работе использовались реактивы фирмы Sigma-Aldrich (St. Louis, USA). Для реакции обратной транскрипции использовали обратную транскриптазу M-MLV и реактивы в соответствие с протоколом фирмы Promega (Madison, USA). Последовательности нуклеотидов ген-специфических праймеров (таблица 1) были выбраны при помощи программы Oli99 и синтезированы на фирме «Синтол» (Москва, Россия). Последовательность мРНК была получена из баз данных UniGene и AceView. Определение степени гомологии нуклеотидных последовательностей полученных ампликонов против геномной и мРНК последовательностей проводили при помощи программы BLAST. Для гена глицеральдегидфосфатдегидрогеназы (G3PDH) использовались праймеры фирмы CLONTECH (Mountain View, USA). В данной работе проанализирована транскрипционная активность набора генов, данные по которым суммированы в таблице 1. Полимеразную цепную реакцию (ПЦР) проводили в программируемом термостате фирмы Hybaid (Waltham, USA). КДНК (1/100 часть объёма реакции обратной транскрипции) амплифицировали с 0,5мкМ ген-специфических олигонуклеотидов и 2,0 ед. ДНК-полимеразы Thermus Aquaticus (БиоМастер, Москва, Россия). Амплификацию проводили в 20 мкл смеси, содержащей 0,01М Трис-HCl (pH 8,5 при 25°C), 0,05 M KCl, 0,002 M MgCl2, 10 мкг/мл желатина, 200 мкМ каждого dNTP, 200 мкг/мл антител "TaqStart" (CLONTECH, Mountain View, USA). Для всех опытов ПЦР проводили по схеме: 94оС - 30 c, 60оС - 60 c, 72оС - 1 мин – 35 циклов. Дополнительно проводили реакцию при 72оС 7 мин. Результаты ПЦР анализировали электрофорезом 5 мкл реакционной смеси в 1.5% агарозном геле в трис-ацетатном (TAE) буфере с 0,002% бромистого этидия.

Таблица 1. Список генов

Название ампликона

Имя гена

Символ гена (HGNC)*

мРНК **

Кластер генов***

Кластер генов****

Кластер генов*****

^ Гены, снижение или потеря активности которых ассоциированы с метастазами меланомы и плохим прогнозом.

NME1

non-metastatic cells 1, protein (NM23A) expressed in [нуклеозид дифосфат киназа, ингибитор экспресии EDG2 -рецептора фосфолипида LPA, лизофосфатидной кислоты]

NME1

NM_198175

н/д

н/д

G2c

CDKN2A

cyclin-dependent kinase inhibitor 2A (melanoma, p16, inhibits CDK4) [ингибитор циклина CDK4, онкосупрессор 1, MTS1]

CDKN2A

NM_000077

н/д

н/д

G2b

TRPM1

transient receptor potential cation channel, subfamily M, member 1 [метастатин, супрессор метастазирования меланомы, ассоциирован с рецидивами меланомы]

TRPM1

NM_002420

н/д

н/д

G2b

DPP4

dipeptidyl-peptidase 4 [связывается с фибронектином плазма-мембранная дипепдидил пептидаза 4, супрессор метастазирования]

DPP4

NM_001935

н/д

н/д

G2a

^ Гены, усиление активности которых или увеличение концентрации их продуктов ассоциированы с метастазами меланомы и плохим прогнозом.

BCL6

B-cell CLL/lymphoma 6 [POZ- доменнный корепрессор транскрипции, онкоген]

BCL6

NM_001706

н/д 

н/д

G2a

SPP1

secreted phosphoprotein 1 [остеопонтин OPN, экспрессия коррелирует с инвазивностью меланомы]

SPP1

NM_001040058

н/д

н/д

G2a

TNC

tenascin C [тенасцин С, компонент межклеточного матрекса, вместе с FN1 формирует образование лимфатических сосудов, экспрессия коррелирует с инвазивностью меланомы]

TNC

NM_002160

н/д

н/д

G2a

FN1

fibronectin 1 [фибронектин, компонент межклеточного матрикса, вместе с TNC формирует образование лимфатических сосудов, экспрессия коррелирует с инвазивностью меланомы]

FN1

NM_212482

н/д

н/д

G2a

Антигены (раково-тестикулярные), кодируемые этими генами, узнаются аутологичными цитотоксическими лейкоцитами. Экспрессируются в разнообразных опухолях, но не в нормальных тканях, за исключением тестикул, плаценты и незрелых (бластных) клеток различной природы.

MAGE-B1

melanoma antigen family B1 [тестикулярный антиген]

MAGEB1

NM_002363.3

G1a

g1a

G1

MAGE-B2

melanoma antigen family B2 [тестикулярный антиген]

MAGEB2

NM_002364.3

G1a

g1a

G1

GAGE-1-8

G antigen 1, 2C, 3, 4, 5, 6, 7 [тестикулярные антигены]

GAGE1, 2, 4, 5, 6, 7, 8

NM_001468.1

G1b

g1b

G1

GAGE3

G antigen 3 [тестикулярный антиген]

GAGE3

U19144

G1b

g1b

G1

GAGE-4-7

G antigen 4, 5, 6, 7 [тестикулярные антигены]

GAGE4, 5, 6, 7

NM_002045

G1b

g1b

G1

MAGE-C1

melanoma antigen family C1 [не имеет четко выраженной тканевой специфичности]

MAGEC1

NM_005462.2

G1c

g1a

G1

MAGE-A4

melanoma antigen family A 4 [не имеет четко выраженной тканевой специфичности]

MAGEA4

NM_002362.3

G1b

g1a

G1

BAGE

B melanoma antigen [не имеет четко выраженной тканевой специфичности]

BAGE

NM_001187

G1c

g1a

G1

Белки этих генов являются специфичными для опухолей и нормальных лимфобластов. Они узнаются аутологичными цитотоксичными Т-лимфоцитами. Слабо экспрессированы, как в тестикулах, так и в яичниках, плаценте и простате.

MAGE-A1

melanoma antigen family A, 1 (directs expression of antigen MZ2-E) [антиген меланомы семейства А: 1]

MAGEA1

NM_004988.3

G1c

g1a

G1

MAGE-A10

melanoma antigen family A, 10 [антиген меланомы семейства А: 10]

MAGEA10

NM_021048.3

G1c

g1a

G1

MG-A3

melanoma antigen family A, 2 ,3, 6, 12 [антигены меланомы семейства А: 2, 3, 6, 12]

MAGEA2, A3, A6, A12

NM_005362.3

G2a

g2a

G1

MAGEA12

melanoma antigen family A, 12 [антиген меланомы семейства А: 12]

MAGEA12, A2, A6, A3

NM_005367.3

G2a

g2a

н/д

MG-A2

melanoma antigen family A, 2 ,3, 6, 12 [антигены меланомы семейства А: 2, 3, 6, 12]

MAGEA2, A3, A6, A12

NM_175743.1

G2a

g2a

G1

MAGEA6

 melanoma antigen family A, 6 [антиген меланомы семейства А: 6]

MAGEA6, A3, A12, A2

NM_005363.2

G2a

g2a

н/д

CTAG1A

cancer/testis antigen 1A, 1B, 2 [Меланоцитнодифференцировочный антиген]

CTAG1A, 1B, 2

NM_001327

G2a

g1a

G2b

^ Дифференцировочные меланомные антигены. Компоненты меланосомы, участвуют в меланогенезе.

SILV

silver homolog (mouse), gp100, pmel17 [компонент меланосомного матрикса]

SILV

NM_006928

G2c

g2c

G2b

MLANA

melan-A [компонент меланосомного матрикса]

MLANA

NM_005511.1

G2c

g2c

G2c

TYR

tyrosinase (oculocutaneous albinism IA) [тирозиназа]

TYR

NM_000372.3

G2c

g2c

G2c

WARS

tryptophanyl-tRNA synthetase [триптофанил тРНК синтаза]

WARS

NM_004184

н/д

g2c

G2c

^ Маркеры меланомы, высокоэкспрессированы в меланоме.

S100B

S100 calcium binding protein B [Ca-связывающий белок S100]

S100B

NM_006272.1

G2c

g2c

G2c

ITGB3

integrin, beta 3 (platelet glycoprotein IIIa, antigen CD61) [интегрин бета-3, в метастазах меланомы в лимфоузлы нет синтеза ITGB3]

ITGB3

NM_000212

н/д

g2b

G2b

MFI2

antigen p97 (melanoma associated) identified by monoclonal antibodies 133.2 and 96.5 [подавлен в лимфоузлах с метастазами меланомы]

MFI2

NM_005929.3

н/д

g2b

G2b

MIA

melanoma inhibitory activity [ингибитор активности меланомы, секретируемый клетками меланомы белок, ассоциирован с прогрессированием меланомы]

MIA

NM_006533

н/д

g2b

G2c

MCAM

melanoma cell adhesion molecule, CD146, MUC18, [меланомный адгезин]

MCAM

NM_006500.2

н/д

g2b

G2c

TIMP1

metallopeptidase inhibitor 1 [ингибитор металлопротеиназ, ассоциирован со многими опухолями]

TIMP1

NM_003254

н/д

g2c

G2a

^ Гены кодирующие белки главного комплекса гистосовместимости.

HLA-E

Major histocompatibility complex, class I, E [главный комплекс гистосовместимости, класс I, E]

HLA-E, -A, -C, -G

NM_002127.3

G2b

g2c

н/д

HLA-G

HLA-G histocompatibility antigen, class I, G; [главный комплекс гистосовместимости, класс I, G]

HLA-G

NM_002127.3

G2b

g2c

н/д

^ Ген «домашнего хозяйства». Ген глицеральдегидфосфодегидрогеназы.

G3PDH

glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

GAPDH

NM_002046.3

G2b

g2c

G2c

* - названия всех генов, для которых , хотя бы одна из альтернативных версий мРНК амплифицируется использованной парой праймеров.

** - описание каталожного номера мРНК: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/guide/human/release_notes.html

***- см. рисунок 1

**** - см. рисунок 2

***** - см. рисунок 4

н/д - нет данных

Фотографии гель-электрофореза продуктов ПЦР были оцифрованы при помощи программы ImageQuant фирмы Molecular Dynamics (Sunnyvale, USA) и результаты представлены в произвольных единицах. Для количественной оценки исследуемых кДНК использовали серийные 4-кратные разведения в 1, 4, 16, 64, 256, 1024 раза (рисунок 4). Для одной кДНК проводился анализ всех 32 генов. В качестве внешнего стандарта использовали продукты амплификации двух генов TYR и SILV. Кривые серийных разведений удовлетворительно описывались гиперболической зависимостью с фиксированным уровнем насыщения, не зависящим от гена. Уровни экспрессии генов вычисляли по кривым разведения в зависимости от выхода ПЦР-продукта по отношению к внешнему стандарту.

^ Методы математического анализа результатов. Для нахождения независимым способом соответствия между уровнем экспрессии генов в исследуемых образцах и цитоморфологическими характеристиками клеточных линий или клинико-морфологическими характеристиками биопсий было проведено двумерное иерархическое кластерирование данных ОТ-ПЦР при помощи программ Майкла Эйзена “Gene Cluster v3”, а результаты визуализировали с помощью программы “Tree View”. При анализе экспрессии генов в культурах клеток меланомы, в первичных опухолях и метастазах меланомы в лимфатические узлы кластерированию подвергался весь набор логарифмированных по основанию 2 данных ОТ-ПЦР, нормированных для каждой культуры на среднюю величину интенсивности полос ОТ-ПЦР генов HLA-G1, HLA-E и GAPDH для каждой клеточной линии или биопсии ткани (рисунки 1 и 2). Никакой последующей центровки или нормировки данных не производилось. Для расчета меры несходства узлов дендрограмм использовались корреляция по Спирману, евклидово расстояние и коэффициент корреляции Пирсона с одинаковым результатом. Для дендрограмм использованы коэффициенты корреляции по Пирсону. При кластерировании для зондов генов с вырожденной специфичностью использованы весовые коэффициенты, обратно пропорциональные числу зондов, соответствующих их вырожденности: для GAGE-1-8 и GAGE-4-7 - 0.5, для MG-A3, MG-A2, MG-A6, MG-A12-236 - 0.25, HLA-G и HLA-A - 0.5. При анализе экспрессии генов в первичных опухолях (рисунок 4) кластерированию подвергался весь набор логарифмированных по основанию 2 данных ОТ-ПЦР, нормированных для каждой первичной меланомы и генов на среднегеометрическое значение интенсивности сигнала по обоим направлениям. Все сигналы были нормированы на среднегеометрическое значение данных всех генов с ненулевым значением интенсивности (SILV, SPP1, MCAM, BCL6, TIMP1, FN1, MIA, TYR, MLANA, NME1 и G3PDH), логарифмированы по основанию 2 и центрированы. Центрирование производилось по обоим измерениям, по генам и по группам пациентов, так что средние значения логарифма интенсивности сигнала в каждой строчке и в каждом столбце таблицы перед кластерированием были равны нулю. Для расчета меры несходства узлов дендрограмм в этом случае использовали корреляцию по Пирсону и эвклидово расстояние. Стабильность иерархического кластерирования проверялась путем последовательного исключения из анализа одного пациента или одного гена из каждой группы. Корреляцию активности каждого из генов или среднего значения логарифма групп генов с цитоморфологическими или клинико-морфологическими данными проводили по Спирману и по Пирсону соответственно.
  1   2

Скачать 369.53 Kb.
Поиск по сайту:



База данных защищена авторским правом ©dogend.ru 2019
При копировании материала укажите ссылку
обратиться к администрации
Уроки, справочники, рефераты